播种前，育苗床内先灌水，使床土含有充足的水分，以供给种子发芽出苗。这些灌水量一般要求渗透到20～30厘米的土层。夏秋季播种浇凉水，冬季或早春最好浇热水，好处是既能迅速提高土温，又可消灭有害生物。如用育苗盘播种，将装好营养土的育苗盘用喷壶浇透即可。待水渗下后，在苗床或育苗盘中薄薄地撒一层过了筛的细土，可防止种子撒在稀泥中，造成泡籽现象。然后均匀地撒播已催好芽的辣椒种子（不要过密），播后覆盖0.5～1.0厘米厚的细土或营养土。也有在覆土中加砂子的，每3～4份床土加1份沙子与床土充分混合，这种方法可以防止表土板结，有利于透水透气，使长出的苗茁壮。覆土要均匀，厚薄合适。覆土过厚，出苗延迟或不出苗；覆土过薄，苗床内水分蒸发过快，土壤易干燥，影响种子发芽出苗，而且覆土过薄，土壤压力小，幼苗出土时种皮不易脱落，造成“戴帽”出土，使子叶不能顺利展开，妨碍光合作用，从而使幼苗营养不良，成为弱苗。覆土后盖上塑料薄膜，以保持温度和提高土温。待3～5天随时检查苗床，当70%的种子发芽出土后，马上把薄膜撤掉。如果阴天或温度低时，可支起小拱棚，再盖一段时间，待晴天后撤掉。
辣椒种子发芽适温25～30℃，低于15℃不易发芽。幼苗生长适宜温度白天25～27℃，夜间18～20℃。土温宜在18℃以上。
辣椒在长江中下游地区一般在10～11月播种，华北、东北2～4月播种，华南于12月至次年1月播种。秧苗苗龄南方90～100天，北方60天左右。定植时，辣椒一般要求苗高18～25厘米，具9～14片真叶，子叶完整，叶大而厚，带大花蕾，根系发达。
辣椒种子能传播很多病害，播种前要进行种子消毒。辣椒可用干籽或湿籽、甚至催芽播种，每平方米苗床播种子15～20克。50%种子出苗时应立即揭去稻草和地膜，并在中午喷些水（为提高水温，把水提前放进棚内增温），防止“戴帽”。苗出齐后，白天揭去小拱棚上薄膜，多见光，中午适度通风，保持白天温度20～25℃，夜间15～18℃。床土不发白不浇水，浇水应在晴天中午进行，浇后通风排湿。
辣椒宜于二叶一心时移苗。一般移栽在营养钵内，每钵移一株。营养钵直径用8厘米×8厘米，每平方米130～140株。辣椒苗期管理主要是温度控制，白天保持23～25℃，夜间13～15℃，寒冷天气要注意保温防冻。要加强通风，晴天或阴雨雪天，大棚内的小拱棚薄膜应揭开，以增加透光，增强秧苗抗性。随着秧苗的长大，对低温的适应能力逐渐增强，这一点有别于番茄和茄子。因此，温度的管理应是呈缓慢下降趋势。整个成苗期，要保持床土湿润，保持秧苗良好生长。辣椒苗期主要病虫害有猝倒病、灰霉病、菌核病、蚜虫，应及时防治。
